Kurikulum Prodi Pendidikan Biologi FKIP UNS yang berlaku saat ini adalah Kurikulum 2018 dan Kurikulum 2020. Kurikulum 2018 adalah hasil evaluasi dari Kurikulum 2016. Adapun Kurikulum 2020 adalah hasil rekonstruksi kurikulum yang berlangsung pada 22 Mei 2020. Kurikulum 2020 mengadopsi Program Merdeka Belajar Kampus Merdeka (MBKM) yang memberi kesempatan kepada mahasiswa untuk mengambil mata kuliah/kegiatan magang/kegiatan independen di luar Prodi BBE sebanyak 3 semester, yaitu satu semester (setara dengan 20 sks) di luar prodi lain di dalam UNS, dan dua semester (setara 40 sks) di prodi lain atau prodi serumpun di luar UNS.

Rekonstruksi kurikulum dilaksanakan dengan memperhatikan perkembangan pengetahuan dan teknologi, perubahan masyarakat global, kebijakan pemerintah, dan masukan dari dosen, mahasiswa, alumni, pengguna lulusan, mitra, dan kesepakatan dalam Konsorsium Biologi Indonesia (KOBI), dan Konsorsium Prodi Pendidikan Biologi Indonesia (KPPBI).